In het najaar van 1940 werkte Thijssen nog steeds bij de PTT, nu als technisch ambtenaar. Kort na het begin van de bezetting kwam Thijssen in actie: hij was betrokken bij de oprichting van een verzetsgroep op boerderij Breehoef van Hein Gerritsen, gelegen aan de Voskuilerweg in Woudenberg. Behalve Thijssen en Gerritsen behoorden in ieder geval ook Wim van Beek, Gerrit Kleinveld, Evert van Voorthuizen en G. Jonker tot deze groep.
De groep had een wisselende samenstelling; zo zijn naast genoemde personen ook onder andere Karel van Ginkel, Jan Brouwer en Teus Helms kortere of langere tijd erbij aangesloten geweest. Thijssen gaf aanwijzingen op welke cruciale punten in het PTT-netwerk de Duitse verbindingen het best gesaboteerd konden worden. Het doorknippen van een bos telefoondraden aan de Glashorsterdijk (zijweg van de Voskuilerweg) was hun allereerste verzetsdaad.
Thijssen werd vanaf 1941 door de Sicherheits Dienst gezocht. Hij was, zo vertelde zijn secretaris en vriend Willem Johan van Hoorn Alkema, na de bevrijding enkele malen aan de Gestapo ontsnapt, soms scheelde het slechts enkele minuten. Thijssen was betrokken bij de distributie van het illegale blad Vrij Nederland wat ertoe leidde dat de woning van zijn moeder, de 63-jarige A.C. ThijssenVisser, als distributiepunt van het verzetsblad werd gebruikt.
(…)
Als oud-officier was het voor Thijssen een logische stap zich aan te sluiten bij de Orde Dienst (OD). Hij kreeg daar de opdracht om een radiodienst op te zetten en deze compleet uit te rusten. Begin 1942 was hij Hoofd Radioafdeling van de OD. Hij bouwde de zenders zelf op de zolder van zijn woning in Rijswijk. Voor elk OD-gewest werd een radiogroep opgericht met zendposten en eigen marconisten. Ondertussen maakte Thijssen plannen om radiocontact met Engeland tot stand te brengen. Zijn werkzaamheden voor het verzet werden een dagtaak; zijn werkgever, de PTT, stuurde hem dan ook met ‘ziekteverlof’. Hij was zogenaamd overspannen.
(…)
Toen Thijssen begin 1943 het hele verbindingsnetwerk voor de Radiodienst van de OD klaar had wilde de OD-top dit nog niet in gebruik nemen. Zij namen op dat punt een duidelijk ander standpunt in dan Thijssen. De OD hield vast aan het doel dat zij zich gesteld hadden: voorbereidingen treffen voor het moment dat Nederland bevrijd zou zijn. In dit kader was het radionetwerk ook opgezet. Thijssen wilde niet op de bevrijding wachten maar het radionetwerk meteen gebruiken. Steeds opnieuw probeerde hij zijn meerderen bij de OD over te halen actief in verzet te komen, maar steeds zonder resultaat. Topman jhr. Pieter Jacob Six bleef bij het standpunt dat het radionet pas gebruikt mocht worden voor hulp aan de geallieerden, die naar zijn idee elk moment Nederland zouden komen bevrijden. Thijssen zag dit anders en richtte de Raad Van Verzet (RVV) op.
(…)
Thijssen zocht zelf zijn medewerkers uit. Hij had een uitgebreid netwerk en ook veel contacten door zijn werk bij de PTT; hij zocht en kende veel mensen met technisch inzicht. Een van die mensen was Karel van Ginkel, die hij al in augustus 1940 bezocht. Hij kende diens vaardigheden uit de tijd dat hij voor de PTT clandestiene zenders moest opsporen. De zender van Karel van Ginkel kon hij nooit vinden omdat deze met twee zenders tegelijk uitzond op verschillende locaties op dezelfde frequentie waardoor hij niet uit te peilen was. Van Ginkel was van het begin af aan betrokken bij de Radiodienst van Thijssen; eerst voor de OD, later voor de RVV.